Dalam rangka melaksanakan kegiatan-kegiatannya, Klenthing melakukan kerjasama dengan lambaga-lembaga sebagai berikut:
1. Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS) Indonesia.
2. Dinas Pendidikan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.
3. Badan Perpustakaan Daerah Istimewa Yogyakarta.
4. Gerakan Pemasyarakatan Minat Baca Propinsi DIY
5. PLAN INdonesia
6. Jogja Student Center (JSC)
7. Yayasan GPL Hijau
8. Rumah Seni Hijau
9. Papermoon
10. 1001 Buku
11. ECCD RC
12. USC Satu Nama
13. Anak Wayang Indonesia
14. Radio Anak Jogja
15. PKPeK
16. Laboratorium Teknik Penyehatan dan Lingkungan UGM
17. Environmental Service Program
18. TRC Basic 5
19. Kelompok Kerja AMPL
20. Pusat Penyelamatan Satwa Jogjakarta (PPSJ)
